Según J. Altadill hubo una lápida romana en la plaza de la iglesia, y una estela funeraria dedicada a Octavia, en el término de Epela, junto al camino de Mendigorría a Oteiza, vía romana que pasaba por la ermita de San Tirso de Oteiza, donde se conserva un miliario.

El nombre latino “Uilla torta” consta por primera vez en 1061, en la donación del monasterio de San Miguel a Leire. Poseyeron bienes en la localidad los monasterio de Leire e Iratxe. Durante el siglo XI la población se componía de un grupo de “seniores” y de una mayoría de labradores pecheros de realen-go, que pagaban anualmente diversas cantidades en metálico y especie en concepto de “costería”, de pecha ordinaria, de “torta y carapido”, más la costería por el término de Çaharrin o Carri-cayn. De estas pechas se beneficiaron instituciones como el monasterio legerense (1319) y particulares como Sancho Sánchez de Medrano, ricohombre y señor de Sartaguda, cuyos bienes en la villa compró el rey con ayuda del concejo (1342). Con este motivo el rey dispuso que la villa fuera “Cámara de los reyes” a perpetuidad (1342).

Los reyes Juan de Albret y Catalina redujeron la pecha a la mitad. A raíz de la conquista del reino por los castellanos (1512), dejaron de pagarla pero fue reclamada; mediante un donativo de 60.000 reales lograron cambiar el nombre de “pecha” por el de “censo”, y obtener la jurisdicción civil por 800 ducados (1630).

De las numerosas ermitas que hubo por el pueblo y el término, solamente queda la de San Miguel, dada por Sancho el de Peñalén a Leire (1062), y cuya fecha de construcción adelanten algunos al siglo anterior. Fue restaurada en 1963 y llevados los relieves al Museo de Navarra. Estaban en el pueblo las ermitas de San Salvador y San Román, ésta románica, emplazada junto al camino francés a la entrada de la villa, demolida hace unos años y colocada la portada en el interior del templo parroquial.

Perduran los hagiotopónimos San Ginés, San Martín, San Cristóbal y Santa Lucía, ermitas existentes durante el siglo XVII, y la última con ermitaños y objeto de una romería popular a principios del siglo actual.

La existencia de vascohablantes se deduce de la toponimia y de un mandato de visita del año 1600 en que se manda al vicario que predique y enseñe el catecismo “en romance y vascuence”.

En su jurisdicción está la granja de Legardeta, documentada en el siglo XI como “Legarda, villa super ripam fluminis Ega”; perteneció a Iratxe. A mediados del siglo XIX había en Villatuerta un molino harinero, una tejería y la “Venta del Moro” que dió su nombre a la cuesta de acceso a Estella.

Tenía 649 habitantes en 1860. Se mantuvo en torno a este número hasta mediados del siglo actual. La industrialización de Estella, y la creación del polígono industrial sobre la carretera de Oteiza, situado parte en término de la villa, repercutió en su desarrollo demográfico, económico y urbano, alcanzando una pobla-ción de 803 habitantes en 1992.

Villatuerta es un nombre de origen romano, y proviene de vilatorta, es decir, villa torcida, tortuosa o sinuosa. Muestras de este origen romano se pueden encontrar en dos inscripciones latinas aparecidas en el campo del pueblo. Una de ellas, funeraria, contiene el siguiente texto: “Octavia Prudentis filia annorun XXX” (Octavia hija de Prudente de 30 años). La otra inscripción representa a un cazador y dos ciervos. Ambas se encuentran en el Museo de Navarra, en Pamplona, y prueban de alguna manera el origen romano de Villatuerta, situado hace unos dos mil años.

Analizando la palabra de Villatuerta podemos deducir que el denominativo tortuosa o quebrada se aplicó por los romanos a una villa que ya existía anteriormente con esa orografía y urbanización torcida o sinuosa. Esa población en buena lógica debió ser euskérica, y, como pura hipótesis, pudo llamarse Arandibarren (barren=dentro), en contraposición al alto y próximo Arandigoyen (goyen=arriba).

No hay otras referencias del pueblo hasta finales del siglo X: entre los años 971 y 979, un tal Belenceres esculpió la lápida que recuerda la inauguración de la hoy llamada Ermita de San Miguel, que era en esas fechas la iglesia de un monasterio benedictino, situado a medio kilómetro del pueblo, en la llamada Cuesta del Moro. Esta lápida se encuentra también en el Museo de Navarra.

En el año 1020 se tiene referencia del nacimiento de San Veremundo, abad de Irache, y de la existencia de los Jaureguizar (nobles descendientes del santo). Más adelante también aparecerán otras nobles familias de señores, como los García López de Aranzadi (siglo XI), los Sancho Hermenodes (siglo XII), los Auberna (siglo XIV), los Izcue, el marqués de Narro, y doña Sancha, entre otros.

En el año 1054, Sancho el de Peñalén agrega el Monasterio de San Miguel de Villatuerta al de Leyre. A falta de otro lugar, los fieles del pueblo acudirán a dicho monasterio para el culto hasta mediado el siglo XV, en el que se termina la magnífica iglesia parroquial de la Asunción.

A partir del año 1085, fecha de la aparición de la Virgen del Puy, los peregrinos cambian de ruta en Villatuerta: en vez de dirigirse al Monasterio de Irache por Noveleta y Zarapúz, van por la Cuesta del Moro hasta el Puy, lugar sobre la nueva ciudad de Estella que funda Sancho Ramírez cinco años más tarde.

Villatuerta carece de lugar de defensa, castillo o torre, hasta el año 1200, por lo menos, y las gentes se protegían, en caso de peligro, en galerías bajo tierra de las que aun quedan vestigios. Entre los siglos XIII y XIV se construye la torre con sus saeteras, aunque en 1378, cuando los castellanos incendian la villa, esa torre se destruye en parte.
En 1342 compra todo el pueblo de Villatuerta con todos sus palacios los reyes don Felipe III el Noble y doña Juana a su señor Sancho Sánchiz de Medrano en mil trescientas libras de dineros sanchetes; señalando el vendedor en !a escritura que lo enajenaba «pora huebos y probedlo del rey», sufriendo hasta 1630 diferentes cesiones e intercambios.

En el siglo XV se construye la Iglesia de la Asunción en estilo gótico.

Villatuerta, que, como se ha dicho, carecía de defensas naturales y de baluartes defensivos medievales, fue arrasada en casi todas las guerras, desde la reconquistas hasta las guerras con Castilla, en las que los vecinos pasaron de 80 a 23 familias. Sus desgracias siguieron, durante el siglo XIX, en la Guerra de la Independencia, ante los franceses, y en las guerras carlistas, en las que murieron al menos 23 personas.

En 1839, los benedictinos son expulsados definitivamente de Irache. Las reliquias de San Veremundo, abandonadas, son trasladadas a Ayegui. Inmediatamente, Villatuerta y Arellano deciden trasladarlas de nuevo. Dos años después, en 1841, los dos pueblos acuerdan la alternativa de repartirse las reliquias durante quinquenios, tradición que perdura todavía hoy, haciéndose el traslado de la urna de manera solemne cada cinco años.

En 1845 desaparecio la Solana como unidad administrativa, desde entonces Villatuerta quedo como Ayuntamiento separado. Su situación no cambio ya que funcionaba así desde 1630 con la compra de la jurisdicción civil.

A mediados del siglo XIX contaba con escuela, dotada con 2.000 reales al año; servían la iglesia un vicario y un beneficiado; proveían primero el rey el pueblo “en concurso”; el segundo el rey mismo y el obispo. Los caminos eran locales pero en buen estado y funcionaba un molino harinero.

Hacia 1.920 las escuelas eran ya dos, acababa de construirse una Caja rural, funcionaba un fabrica de hrinas y diversos talleres. A partir de los años 60 Villatuerta se fue trasformando, debido a que a la producción agrícola de la villa (23 km2) se le incorporo la industria a partir de 1967, haciendo de la villa uno de los municipios más pujantes de la comarca y de Navarra. La agricultura paso a un segundo plano practicándose a tiempo parcial.

El crecimiento urbanístico es destacable, con grandes urbanizaciones y con un gran potencial de crecimiento, también debido a la mejora de las comunicaciones han modificado notablemente al municipio.